San Giovanni Domnarum è una delle chiese dalla storia più avventurosa di tutta Pavia. L’appellativo Domnarum (donne) è dovuto al fatto che la sua costruzione, voluta dalla regina Gundeperga, venne pensata per ospitare il battesimo delle bambine della dinastia reale longobarda.
La chiesa non è direttamente visibile da una strada, poiché negli anni è stata inglobata da un complesso abitativo. Per questo motivo per accedervi bisogna prima passare da un portone situato in via Mascheroni di fronte al liceo Taramelli. Il vero tesoro di questa chiesa è la cripta, riscoperta solo nel 1914 grazie a delle ricerche di monsignor Faustino Gianani, che attingendo da alcune fonti storiche intuì la possibile presenza di una cripta. La datazione di quest’area è antichissima, poiché in origine era stata utilizzata come spazio termale dai romani. Gianani, una volta scoperta la cripta, ipotizzò la presenza di altri diversi ambienti, constatando tuttavia la loro irraggiungibilità a causa delle costruzioni circostanti.
La cripta, nonostante secoli di totale abbandono dopo essere addirittura stata utilizzata per secoli come ossario, contiene alcuni antichi affreschi eccezionalmente conservati.