Il Collegio Borromeo viene fondato nel 1561 per volontà del cardinale Carlo Borromeo, con l’obiettivo di dare un’opportunità educativa a giovani talentuosi ma privi di mezzi economici per proseguire gli studi universitari. La sua idea era di creare un luogo dove gli studenti potessero studiare in tranquillità, protetti al tempo stesso dagli scompigli universitari dell’epoca. Nonostante vivesse a Roma Carlo Borromeo ha sempre seguito con attenzione i progressi nella costruzione del Collegio, la cui prima pietra viene posta il 19 giugno 1564 alla presenza del vescovo di Pavia Ippolito Rossi e delle autorità locali. Nel 1581, quando i primi studenti entrano nel Collegio, tra cui il cugino di Carlo Borromeo, il conte Federico, l’edificio non è ancora completato.